Nel 1845 aprì a Merate il primo ospedale pubblico, nato dalla volontà testamentaria del benefattore Giovanni Battista Cerri che mise a disposizione la propria dimora per la cura degli ammalati del paese.
A seguito della grande affluenza e della grande richiesta di cure, dal 1850 l’ospedale venne trasferito nella sua posizione attuale dove fu costruito il primo edificio composto da sale per i degenti e spazi per gli uffici di direzione e amministrazione. Le cure prestate erano riservate soltanto al ricovero degli anziani e degli ammalati cronici poiché mancavano ancora medici specializzati e sale idonee e i casi più gravi bisognosi di interventi chirurgici venivano portati all’Ospedale Maggiore di Milano. Nel 1901, grazie alla donazione dell’Avvocato Antonio Baslini venne inaugurato il padiglione “Elena Baslini-Gnecchi” e negli anni successivi si procedette all’ampliamento e ammodernamento della struttura con la dotazione di un nuovo impianto radiologico.
Nel 1914 venne inaugurato il padiglione Terzaghi con il lascito della nobildonna Giulia Ristori, vedova di Luigi Terzaghi per la cura dei bambini malati di scrofola e, a partire dal 1929, l’Ospedale viene riconosciuto come amministrazione autonoma e, grazie alle donazioni dei cittadini, vengono costruiti un nuovo padiglione di 70 letti e i reparti di chirurgia, radiologia, il laboratorio e la camera mortuaria. Negli anni ’70 il numero dei letti aumentò a 500, mentre oggi l’intera struttura supera gli 800 posti letto divisi a seconda dei numerosi reparti.