La chiesa, inizialmente dedicata alla Madonna Immacolata, venne costruita sul colle di Turba, appena fuori dall’antico centro abitato, per seppellire i morti della peste del 1630. Probabilmente nello stesso luogo esisteva nei secoli precedenti un luogo di culto più antico, forse un monastero femminile in disuso o non più esistente all’epoca della costruzione della chiesa.
Nel 1728 la chiesa venne ampliata assumendo le forme attuali con tre cappelle, un portico, una tribuna e il campanile e all’interno fu riccamente ornata di stucchi e decorazioni. Collegata con la chiesa c’era una ricca confraternita di cui facevano parte i cittadini più abbienti e nel corso dei decenni la chiesa divenne proprietaria di molti terreni e ricchezze, tuttavia dopo la soppressione in epoca napoleonica, i suoi possedimenti furono venduti e la chiesa trascurata. Nel 1826 il vicario Don Andrea Vanalli decise di restaurarla in occasione del Giubileo in corso proprio in quell’anno. Dalla vicina chiesa di S. Marta venne trasferita un’antica immagine della Deposizione di Cristo che oggi si trova in un’edicola dedicata alla destra dell’ingresso.
Alla fine del 1800 vennero eseguiti altri lavori di sistemazione della chiesa durante i quali furono ritrovate fondamenta di edifici precedenti, ossa e monete che testimoniano, da una parte, l’antichità della chiesa e dall’altro l’utilizzo funerario degli spazi.
Ancora negli anni '60 e '90 del XX secolo la chiesa fu oggetto di restauri all'interno e all'esterno. La notte del 25 aprile 1993 furono trafugati l'altare ligneo seicentesco e la pala di S. Gregorio, staccata dal telaio, ed al cui posto ora è possibile ammirare un’opera incompiuta, raffigurante S. Gregorio Magno, realizzata dall’artista meratese Alessandro Scaccabarozzi.
Chiesa di San Gregorio, Via Cerri, Bagolino, Novate Brianza, Merate, Lecco, Lombardia, 23087, Italia